①進出庫台帳的設立。區內倉儲貨物的進出區按倉庫設立台帳，根據通關環節進出區報送單反饋和物流資訊化程式有關資料按進出對應關係逐標登記入帳，月末與物流資訊化程式核對進出區情況，對進出區平衡的在物流資訊化程式內申報核銷，結存數量與倉儲企業每月報送的報表（程式內列印）進行核對，並憑程式庫存資料清單和台帳下倉庫與實物核對。

②對倉庫的現場核查。對區內保稅倉庫的現場核查應根據倉儲企業的經營情況和信譽情況有針對性地進行，重點加強對敏感商品中的進出庫的核查。常規核查每月至少進行一次，並結合《張家港保稅區海關對區內倉儲企業的星級分類管理辦法》進行量化考評。並可對保稅倉儲貨物根據一階段的實際貨物進出具體情況對倉庫作突擊抽查。